microRNA技术概述
miRNA(microRNA)是一类长度约为20-24nt 的内源性非编码RNA,广泛参与基因转录后调控活动,其中多数miRNA具有高度序列保守性、表达时序性和组织特异性。
最近的研究表明,miRNA参与了各种各样的调节途径,包括细胞增殖与凋亡、生长发育、器官形成、造血过程、脂肪代谢、病毒防御等各种功能,具有重要的基因表达调控作用。
现在主流的芯片平台是Agilent和Affymetrix,Agilent只检出成熟体,而Affy的芯片前体和成熟体皆检出,假阳性率较高,但Affy的容量相比Agilent的大很多。 汉恒生物(Hanbio)提供Agilent和Affymetrix平台的mirarray筛选服务及后续的芯片数据分析及靶基因聚类分析。
检测原理
1. 针对Agilent miRNA芯片采用独特的茎环状探针设计;
2. miRNA成熟体3’端进行Cy荧光标记,这个新标记的C碱基将与探针序列中的G碱基杂交;
3. 探针形成的茎环结构起到了稳定杂交体,并限制miRNA前体杂交(A);
4. 通过缩短形式的探针设计,降低杂交体稳定性,使多个探针的退火温度趋向 一致(B)。这种设计提高了杂交特异性和灵敏度。
技术优势
1. 特异性高:通过特殊的探针设计有效区分miRNA成熟体和miRNA前体,并有效区分序列高度相似的不同miRNA;
2. 灵敏度高:直接用Total RNA进行实验,无需miRNA分离过程,只需100ng的Total RNA即可用来进行标记实验;
3. 样品适用范围广:各种新鲜组织、冰冻组织、FFPE组织、脱落细胞等均可进行实验;
4. 动态范围广:检测丰度跨4个log,最高可达6个log。低至6000个拷贝的分子就可以检出;
5. 芯片更新迅速、定制方便:数据来源于Sanger 数据库最新版本;对于人、大鼠、小鼠之外的动物物种,可以方便的通过eArray进行定制。
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